一、透析袋的選擇：
選擇合適的截留分子量：
截留分子量（MWCO），是指留在透析袋內的生物大分子的最小分子量。透析袋常規截留分子量包括100、500、1000、2000、3500、8000、10000、15000、20000、25000、50000、100000、250000、500000、1000000等種類，單位為道爾頓（D）。為了達到合理有效的分離，需分離的兩種物質分子量的比率至少為25，因此，選擇截留分子量的經驗法則：選擇截留分子量值約為要保留的大分子分子量的一半，才能獲得至少90%的保留率。
二、選擇扁平寬度：
透析袋扁平寬度的選擇取決于樣品體積和透析容量。較小的透析管透析更快；較大的透析管因擴散距離較長透析較慢。為易于使用，建議使用總長（包括閉合夾和頂部空間）為大約10-15cm的透析袋。
三、透析袋的使用方法：
前處理方法：
1.將透析袋剪成適當長度（10-20cm）的小段；
2.在2%碳酸氫鈉和1mmol/L EDTA（pH=8）中將透析袋煮沸10 min；
3.將透析袋用蒸餾水進行漂洗3次；
4.將透析袋放置于1mmol/LEDTA（pH=8）中煮沸10 min；
5.透析袋冷卻后存放于4度，并確保透析袋始終浸沒在液體中；注意從此步起用透析袋時一定佩戴戴手套進行操作；
6.在分離實驗之前要用蒸餾水將透析袋里外加以清洗。
四、使用方法：
使用透析袋進行分離時，一端用透析袋夾夾緊，由另一端灌滿水，用手指稍加壓，檢查不漏，方可裝入待透析液，通常要預留留1/3-1/2的空間，以防透析過程中，透析的小分子量較大時，袋外的水和緩沖液過量進入袋內將透析袋漲破。此外，為了加快透析速度，除多次更換透析液外，還可使用轉子攪拌。小體積溶液的透析過程，可在袋內放一截兩頭燒圓的玻璃棒或兩端封口的玻璃管，使透析袋沉入液面以下。
五、使用后處理方法：
使用后的透析袋經適當的處理后，一般會重復使用。
1.保存前可用生理鹽水浸泡除去蛋白，并用蒸餾水清洗干凈，洗凈后置于50%乙醇中保存即可；
2.用蒸餾水徹底洗干凈，可存于4度蒸餾水中，若長時間不用，可加少量NaN2，防止長菌。
3.洗凈晾干的透析袋彎折時易裂口，使用時必須仔細檢查，不漏才能重復使用。
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